Vidéo: Qu'est-ce qu'un fichier d'index BAM ?
2024 Auteur: Lynn Donovan | [email protected]. Dernière modifié: 2023-12-15 23:46
UNE fichier BAM (. boum ) est la version binaire d'un SAM déposer . Un SAM déposer (. sam) est un texte délimité par des tabulations déposer qui contient des données d'alignement de séquence. Indexage : IGV exige que SAM et fichiers BAM être triés par position et indexé , et que le fichiers d'indexation suivre une convention de nommage spécifique.
De même, les gens demandent comment ouvrir un fichier BAM ?
Du Déposer menu choisir Ouvert et sélectionnez fichiers BAM du côté gauche. Sélectionnez le bouton sur la droite qui dit Ajouter un fichier BAM . Naviguez vers le BAM Test Des dossiers dossier que vous avez téléchargé, sélectionnez with_index_with_graph. Cliquez sur Ouvert , sélectionnez mapt.
Deuxièmement, comment convertir un fichier BAM en Fastq ? Vous trouverez ci-dessous les étapes pour convertir un fichier BAM au format FASTQ. Cela fonctionnera sur Linux et nécessitera SAMTOOLS et BEDTOOLS
- Téléchargez SAMTOOLS.
- Extraire à l'aide de la commande tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Il créera un dossier nommé samtools-version.
- Déplacez-vous dans le répertoire cd samtools-version.
De même, comment convertir un fichier BAM en fichier SAM ?
À convertir SAM à BAM , nous utilisons la commande samtools view. Nous devons préciser que notre entrée est dans Format SAM (par défaut, il attend BAM ) à l'aide de l'option -S. Nous devons également dire que nous voulons que la sortie soit BAM (par défaut il produit BAM ) avec l'option -b.
Que fait la vue Samtools ?
Samtools est un ensemble d'utilitaires qui manipulent les alignements au format BAM. Il importe et exporte au format SAM (Sequence Alignment/Map), Est-ce que le tri, la fusion et l'indexation, et permet de récupérer rapidement les lectures dans toutes les régions. Samtools est conçu pour fonctionner sur un flux.
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